Bonusopdracht

Parametrizeren

NB: dit onderdeel (het parametrizeren) is voor groepjes die op zoek zijn naar meer uitdaging binnen het project. Als je dit onderdeel goed afrondt, resulteert dat in een hoger cijfer voor het product. Als het niet afgerond wordt, is dat geen probleem en kun je nog steeds een voldoende halen voor het project.

Tot nu toe heb je in dit project de RNA-seq data van twee verschillende weefsels vergeleken. Dit waren de weefsels die aan je groepje waren toegewezen. Andere groepjes hebben andere weefsels/data vergeleken. We kunnen de analyse uitbreiden naar andere weefsels/data door het Rmarkdown bestand te parametrizeren. Een korte introductie voor het onderwerp parametrizeren in Rmarkdown vind je op deze pagina. Door het Rmarkdown bestand te parametrizeren kun je met hetzelfde Rmarkdown bestand verschillende datasets vergelijken. De meeste code in het Rmarkdown bestand blijft hetzelfde, alleen de dataset-specifieke onderdelen (zoals bestandsnamen en weefselnamen) worden vervangen door parameters.

Het doel is om een Rmarkdown bestand te maken waarmee je elk tweetal weefsels uit dit project met elkaar kunt vergelijken (dus bijv. nier vs. lever, lever vs. hersenen of hersenen vs. nier).