Workshop: RNA-sequencing op het lab

Introductie

RNA-sequencing opent een wereld vol inzichten. Het is een krachtige techniek die onderzoekers in staat stelt enorme hoeveelheden waardevolle data te genereren. Maar wat gebeurt er nu écht achter de schermen in het lab? Waarom kiezen wetenschappers voor een bepaalde aanpak of methode? Tijdens deze workshop duiken we dieper in het proces, ontdekken we de keuzes die gemaakt worden en ontrafelen we hoe RNA-sequencing ons helpt om biologische systemen beter te begrijpen.

Voorbereiding

In de VL3‑cursus Biomedische theorie en technieken (BITT, hoorcollege 3 & werkcollege 3) heb je kennisgemaakt met next generation sequencing. Voor deze workshop is het handig om die theorie en opdrachten nog eens door te nemen. Zo kun je de opgedane kennis meteen toepassen en haal je meer uit de oefeningen.

Leeruitkomsten

De leeruitkomsten voor deze workshop zijn hieronder weergegeven.

De student kan een NGS sequencingplatform noemen evenals de toepassing daarvan.
De student kan uitleggen welk sequenceplatform aansluit op RNA-sequencing.
De student kan de betekenis en gevolgen van gemaakte keuzes in RNA-sequencing toelichten.
De student kan uitleggen welke stappen worden uitgevoerd op het lab voor RNA-sequencing.

Metadata - RNA-sequencing in het lab

Voordat je zelf aan de slag gaat met RNA‑sequencing data om te analyseren wat er uit het experiment is gekomen, is het belangrijk om te begrijpen wat er allemaal voorafgaat aan het moment dat je de data in handen hebt. RNA‑seq is namelijk niet alleen een kwestie van “data downloaden en analyseren”: er gaat een heel proces aan vooraf in het lab. Denk aan het isoleren van RNA uit cellen, het maken van libraries met adapters, het sequencen zelf en de eerste stappen van kwaliteitscontrole.

In de opdrachten die volgen nemen we je mee door dit traject. Je krijgt inzicht in welke keuzes onderzoekers in het lab hebben gemaakt en hoe die keuzes invloed hebben op de data die jij straks analyseert. Zo leer je niet alleen wat er in de dataset staat, maar ook waarom die data er zo uitziet. Dat helpt je om de resultaten beter te interpreteren en kritisch te kijken naar de uitkomsten van een RNA‑seq analyse.

Opdrachten

Na de instructie kun je starten met de onderstaande opdracht.

Ga naar de website van ‘Atlas of RNA sequencing profiles of normal human tissues’. Neem de website rustig door, bekijk het artikel en neem ook de informatie door van enkele samples.

Het artikel legt uit waar de monsters vandaan komen, hoe ze zijn behandeld en opgewerkt ter voorbereiding op RNA-sequencing. Bestudeer vooral het onderdeel “Preparation of libraries and RNA sequencing”.

Vraag je zelf af:

Welke sequencing platform/techniek is gekozen en waarom?
Welke opwerking hebben de monsters ondergaan?
Welke keuzes zijn gemaakt in de sequencing aanpak?
Waarom is er gekozen voor deze aanpak?

Maak samen een visueel flowschema waarin duidelijk wordt welke stappen de onderzoekers hebben uitgevoerd met de monsters. Toon de essentie van elke stap.

Gebruik figuren en pictogrammen in plaats van lange teksten.
Elke stap moet grafisch herkenbaar zijn (bijvoorbeeld een buisje voor monsterverzameling, een pipet voor behandeling, een computer-icoon voor sequencing).
Zorg dat de volgorde van de stappen helder zichtbaar is met pijlen of verbindingslijnen.
Je mag zelf illustraties creëren of geschikte afbeeldingen zoeken.
Het doel is dat iemand die het schema bekijkt in één oogopslag begrijpt wat er met de monsters is gebeurd.

We bespreken de flowschema’s aan het einde van de les en lever ze daarna in met je groepsnummer in de titel.