Week 6: GO-term analyse

Opdracht voor week 6

Vorige week heb je bepaald welke genen verschillend tot expressie komen in de twee weefsels. Deze week gaan we bekijken wat de functie is van deze genen. We voeren hiervoor een GO-term enrichment analyse uit.

GO-term enrichment analyse

Voer GO-term enrichment analyses uit met de new en hyperGTest functies uit het GOstats package. Zorg ervoor dat de analyses voldoen aan de volgende voorwaarden:

• Voer één analyse uit voor de upregulated genen en één voor de downregulated genen.

• Definieer upregulated genen als genen met een adjusted p-waarde < 0.01 en een LFC > 1. Definieer downregulated genen als genen met een een adjusted p-waarde < 0.01 en een LFC < -1.

• Maak voor beide analyses een grafiek. Geef in de grafieken de 20 meest significant verrijkte GO-termen weer.

• Zorg ervoor dat de grafieken voldoen aan de standaarden voor een goede grafiek (aslabels, legenda, titel, bijschrift etc.)

Uitleg in het Rmarkdown bestand

Zorg ervoor dat je Rmarkdown bestand wordt voorzien van tekst:

• Geef een korte toelichting voor de analyses en verantwoord de gebruikte R code in de tekst.

• Geef de conclusies voor GO-term enrichment analyses weer in de tekst.

• Beschrijf je algemene conclusies voor het project. Wat is het antwoord op de onderzoeksvraag?

• Beschrijf discussiepunten van dit project. Wat zou je een volgende keer anders doen? En wat zijn interessante analyses voor een vervolgonderzoek?