Week 5: DGE analyse

Opdracht voor week 5

Deze week ga je kijken welke genen verschillend tot expressie komen in de verschillende weefsels; we voeren een DGE analyse uit. De resultaten van de DGE analyse gaan we visualiseren in een volcano plot en in een heatmap.

DGE analyse uitvoeren met `DESeq`

Voer de DGE analyse uit met de DESeq functie uit het DESeq2 package. Zie hiervoor ook de workshop over data visualisatie voor rna sequencing.

Volcano plot

Maak een volcano plot die voldoet aan de volgende voorwaarden:

Kleur alle genen oranje die significant up- of downgereguleerd zijn.
Geef in de volcano plot de LFC en p-waarde thresholds weer als stippellijnen.
Geef in de grafiek ook aan hoeveel genen er upgereguleerd zijn en hoeveel genen er downgereguleerd zijn. Geef deze aantallen weer als tekst in de grafiek en zorg ervoor dat deze tekst niet overlapt met de punten van de grafiek.
De grafiek voldoet aan de standaarden voor een goede grafiek (aslabels, legenda, titel, bijschrift etc.)

Heatmap

Maak een heatmap met de pheatmap functie die voldoet aan de volgende voorwaarden:

In de heatmap zijn de count waarden weergegeven voor de 5 upgereguleerde genen met de kleinste adjusted p-waarde én de 5 downgereguleerde genen met de kleinste adjusted p-waarde.
De rijen van de heatmap moeten gelabeld worden met het gensymbool i.p.v. de Entrez identifier. Gebruik voor de omzetting de mapIds functie uit het AnnotationDbi package.
Zorg ervoor dat de count waarden genormaliseerd zijn, zodat de expressie van de verschillende genen eenvoudig vergeleken kan worden.
De grafiek voldoet aan de standaarden voor een goede grafiek (aslabels, legenda, titel, bijschrift etc.)

Uitleg in het Rmarkdown bestand

Zorg ervoor dat je Rmarkdown bestand wordt voorzien van tekst:

Geef een korte toelichting voor de analyses en verantwoord de gebruikte R code in de tekst.
Geef de conclusies voor de volcano plot en de heatmap weer in de tekst.
Zoek informatie op over de genen in de heatmap. Gebruik hiervoor de NCBI en Uniprot databases (zie het vak Bioinformatica). Geef in de tekst weer wat de functies zijn van de gevonden eiwitten en of dit overeenkomt met je verwachtingen.