Introductie

Welkom bij de module Bioinformatica! Deze module vormt samen met samen met de module ‘Programmeren in R’ de cursus IBIP2V.

De module Bioinformatica bestaat uit 8 lessen. De inhoud van deze lessen kun je bereiken via het menu aan de linkerkant. Het doel van de module is om je te leren hoe je eenvoudige biologische vragen kunt oplossen met behulp van online databases. Verder leer je om online tools te gebruiken voor basis bioinformatica-technieken, zoals het ontwerpen van primers.

Hieronder tref je een aantal belangrijke opmerkingen aan over de module en de afsluitende toets. Lees deze goed door, voordat je begint aan het lesmateriaal.

We wensen je veel succes en plezier met deze module!

Leeruitkomsten

Aan het einde van deze cursus kan je met behulp van openbare databases en online tools basale bio-informatica vraagstukken oplossen. Deze algemene leeruitkomst kan opgesplitst worden in de volgende leeruitkomsten:

De student kan informatie verzamelen met behulp van openbare databases:

De student kan informatie over een gen opzoeken in de NCBI gene database.
De student kan informatie over de sequentie van transcripten opzoeken in de NCBI nucleotide database.
De student kan informatie over posttranslationele modificaties en eiwitdomeinen in een eiwit opzoeken in de NCBI eiwitdatabase.
De student kan informatie over een eiwit opzoeken in de Uniprot database.
De student kan voor een eiwit de eiwitstructuur opzoeken in de Uniprot database en hierbij onderscheid maken tussen experimenteel bepaalde en computationeel voorspelde eiwitstructuren.
De student kan netwerkkaarten opzoeken in de KEGG database en de netwerkkaarten interpreteren.

De student kan experimenten voorbereiden met behulp van openbare databases en online tools:

De student kan PCR primers ontwerpen met Primer-BLAST voor Sanger sequencing.
De student kan qPCR primers ontwerpen met Primer-BLAST voor het bepalen van de genexpressie met qPCR.
De student kan de specificiteit van de ontworpen primers controleren met de UCSC in silico PCR tool.
De student kan het moleculaire gewicht van een eiwit opzoeken (bijvoorbeeld voor Western blot analyses) in de Uniprot database.

De student kan data analyseren met behulp van openbare databases en online tools:

De student kan (delen van) sequenties van transcripten verkrijgen via de NCBI nucleotide database.
De student kan een DNA chromatogram en de berekende Q-scores van een Sanger sequencing experiment interpreteren.
De student kan met behulp van NCBI BLAST mutaties detecteren in een DNA sequentie en bepalen wat het effect van de mutatie is op het eiwit.
De student kan NCBI (protein) BLAST gebruiken om een eiwit te vergelijken met andere bekende eiwitten in een bepaald organisme.

Opzet van de lessen

Deze module bestaat uit 7 lessen en 1 vragenuur. Voor alle lessen geldt dat je je thuis moet voorbereiden. Hiervoor tref je bij elke les in deze reader een kopje voorbereiding aan. De voorbereiding bestaat uit het zelfstandig doornemen van de theorie en het maken van opgaven.

De lessen zelf bestaan uit een korte voorbespreking (waarin ook ruimte is om vragen te stellen over de voorbereiding), een casus die je individueel gaat maken en een nabespreking. In de casussen die in de lessen worden gemaakt komen alle leerdoelen van de cursus terug. De casussen zijn dan ook een belangrijke voorbereiding voor de toets. De casussen moeten in de les af worden gemaakt (je krijgt hier ongeveer 1 uur de tijd voor per les) en tijdens de nabespreking moet je je bevindingen uit kunnen leggen aan je klasgenoten en de docent.

Cursusmaterialen

Voor deze module maken we gebruik van deze reader. In de reader vind je alle theorie en opdrachten voor deze cursus. We maken in deze cursus geen gebruik van een boek.

Toetsing

De module Bioinformatica wordt afgesloten met een toets. Deze toets bestaat uit verschillende vraagstukken die je op moet lossen met de online databases en tools uit de cursus. Tijdens de toets mag je alleen gebruik maken van deze reader en van de online databases en tools die behandeld zijn in de cursus. Andere bronnen zijn niet toegestaan. De cesuur voor deze toets ligt op 65 % (exclusief correctie voor gokkans).

Je behaalt de studiepunten voor IBIP2V als je voor de toets ‘Programmeren in R’ en de toets ‘Bioinformatica’ een voldoende hebt gehaald.

Participatiebonus

In deze module kun je een participatiebonus verdienen als je bij de werkcolleges aanwezig bent én tijdens de werkcolleges je best doet. Om de participatiebonus te verdienen mag je maximaal 2 van de 8 werkcolleges missen als gevolg van overmacht (bijv. ziekte, doktersafspraken of storingen in het OV). Indien je door overmacht niet aanwezig kunt zijn, meld je dit vóór aanvang van de les bij je docent.

Als je de participatiebonus verdient, resulteert dit in 1,0 extra punt voor het eindcijfer. Het eindcijfer zonder participatiebonus is dus maximaal een 9,0. De participatiebonus zal blijven gelden voor een eventuele herkansingen.

Jouw docent registreert je participatie tijdens de werkcolleges via Canvas. Je kunt via Canvas zelf bijhouden of je in aanmerking komt voor de inspanningsbonus.