Lesson_00 - Cursus informatie

Inleiding

In het domain van de Life Science is er een exponentiele groei van data. Het merendeel van de Life Science data is beschikbaar in publieke databanken. In deze databanken staat informatie over het genoom, rna, eiwitten, ziektes en oneindig veel meer informatie van duizenden organismen. Hoe verkrijg en analyseer ik deze data?

Als je zelf een experiment doet wil je weten of het gelukt is? Wat is de uitkomst van het experiment. Hoe moet de data verwerkt worden om er een conclusie uit te trekken die een antwoord geeft op een onderzoeksvraag? Aan welke voorwaarde moet een experiment voldoen om zinvolle data te genereren. Hoe presenteer ik mijn onderzoeksresultaten zodat ik andere kan overtuigen van mijn baanbrekende, nobelprijs-winnende onderzoek (of de nauwkeurigheid van van mijn kalibratielijn).

Zonder data analyse vaardigheden kan je niets concluderen uit je experimenten of van andere onderzoekers! Data Science is een essentieel onderdeel van de Life Science (en van elke wetenschap). Deze cursus bouwt verder op de eerstejaars cursussen Excel en Statistiek en Wiskunde en versterkt je basiskennis in de Data Science. Verder dient deze cursus als introductiecursus voor als je verder wilt in de Data Science. In de VL5/6 bieden we cursussen aan voor verdere verdieping.

Algemene leerdoel

“Toolbox” meegeven om biologische informatie (data) op te zoeken en statistisch te bewerken
“Deze toolbox” toepassen om een onderzoeksvraag te beantwoorden met behulp van de onderzoekscyclus

Algemene cursusinformatie Bioinformatica

Blok A

Les 1 startbijeenkomst van 2 uur (verplichte aanwezigheid)
Les 2 t/m 10 : practicum lessen van ieder 2 uur

  • Neem elke les je eigen computer mee en maak de opdrachten. Deze opdrachten zullen terug komen in de toets

Je hebt twee mogelijkheden om de opdrachten af te maken:

  1. Tijdens de ingeroosterde les
  2. Thuis afmaken voor aanvang van de volgende les

Toetsing: De lessen van blok A worden afgesloten met een centrale toets. Deze toets bestaat uit ongeveer 25 (deel)vragen die wordt afgenomen in testvision op maandag 14 oktober van 13.30-15.30. Voor deze toets mag je de reader gebruiken en een beperkt aantal websites zoals NCBI, Kegg en Uniprot. Het meenemen van papieren aantekeningen is niet toegestaan. Deze toets telt voor de helft mee voor het eindcijfer.

Blok B

6 project lessen van ieder 3 uur met verplichte aanwezigheid. In deze lessen werk je per 4-tal aan drie verschillende bioinformatrica vraagstukken.

Het eerste project is een formatieve opdracht en dient als proeftoets om te oefenen. Het project wordt in de les afgerond met aansluitend feedback van de tutor.

Project 2/3 worden afgerond in de projectlessen 2 t/m 5 en zijn onderdeel van de summatieve toets. De beoordelingen van project 2 en 3 tellen mee voor de andere helft van het eindcijfer van deze cursus.

De laatste les is een inhaalles voor studenten die niet aanwezig konden zijn bij een van de projectlessen.

Voor verdere informatie over de projecten in Blok B en de bijbehorende toetsing, lees de paragraaf “Project_algemene_introductie” in deze reader.

Gedetaillerde informatie over de projecten en de uitvoering daarvan wordt bekend gemaakt aan het begin van Blok B.

Studiemateriaal

Al het studiemateriaal is te vinden binnen deze reader.
BELANGRIJK: Omdat we veel (biologische) informatie gaan opzoeken op het internet en alle bronnen in het Engels zijn, is de reader geschreven in het Engels

Voorkennis

We gaan ervan uit dat je de kennis en vaardigheden uit Statistiek & Excel en Wiskunde in het eerste jaar beheerst.