Project2

Introductie

Huntington’s disease wordt veroorzaakt door mutaties (insertions) in het HTT gen. Om deze ziekte te bestuderen worden verschillende modelsystemen gebruikt zoals mensen, honden, ratten, zebravis, varkens en de fruitvlieg. Een essentiele vraag bij het gebruik van proefdieren is hoe goed de onderzoeksresultaten te vertalen zijn naar de humane fysiologie. Het is daarom belangrijk om de verschillende modelsystemen te vergelijken met de mens. Dit kan op verschillende biologische niveaus zoals gedrag, anatomie, fysiologie, orgaansystemen, eiwitten, genen en het genoom.

Opdracht_2

In deze opdracht gaan jullie je verdiepen in het HTT gen en de relatie met Huntington’s disease.

De opdracht:
1. Ontwerp primers om de mutatie te detecteren (door middel van sequencing) in het humane HTT gen
2. Ontwerp primers (inclusief controle primers) om de genexpressie te detecteren voor éen van de (normale) transcripten van het humane HTT gen
3. Hoeveel gelijkenis vertoont het humane HTT gen/protein met het HTT gen/protein van het (opgegeven) modelsysteem:

Docent Zoltan bochdanovits-tenhove: muis (Mus musculus)
Docent Bas van Gestel : rat (Rattus norvegicus)
Docent Chris van Oevelen : kip (Gallus gallus)
Docent Rene van der Ploeg : zebravis (Danio rerio)

Kan het modelsysteem gebruikt worden om Huntington disease te onderzoeken?

LET OP: Het is de bedoeling dat je je kennis van BlokA mobiliseert om de onderzoeksvraag te beantwoorden. Er is dus geen eenduidig antwoord op de onderzoeksvraag. Dit hangt af van de strategie die je gaat gebruiken (zie ook hieronder bij het werkplan).

LET OP: Verdeel de taken in de groep. Ieder persoon van de groep neemt 1 of meerdere (deel)taken op zich en is eindverantwoordelijk voor deze taak. Je kan elkaar wel helpen maar het moet duidelijk zijn wat de bijdrage van iedere student is aan het project. De student moet zelf zijn bijdrage kunnen uitleggen. Geen nuttige bijdrage is onvoldoende!

Geef duidelijk aan in het rapport wie welke bijdrage heeft geleverd!!

  1. Verkennen en verdiepen:
    • Zoek (moleculaire) informatie op over Huntington’s disease (vermeld minimaal twee verschillende publicaties)
    • Wat zijn de eigenschappen van het HTT gen / protein (gebruik minimaal drie verschillende databanken)
    • Wat voor type mutatie veroorzaakt Huntington’s disease?
    • Bedenk zelf verder welke relevante informatie je wilt opzoeken en vermelden (met bronvermelding)

Schrijf een korte inleiding van ongeveer 10-15 regels (inclusief bronverwijzing naar research papers en databanken. Zonder bronvermelding geen punten!!)

  1. Onderzoeksvraag:
    • Wat voor type onderzoeksvraag is vraag3 van de opdracht?
    • Stel een hypothese op
  2. Werkplan
    • Welke stappen ga je doen (werkplan) om vraag 1 t/m 3 te beantwoorden -> maak een flowschema
    • Laat in het flowschema zien welke databanken, software, online tools je hiervoor gaat gebruiken zoals NCBI, Uniprot, Kegg enzovoorts. Geef de links naar deze databanken in het flowschema (geen Wikipedia, chatgpt).
  3. Experiment (In silico)
    • Ontwerp primers voor sequentie- en genexpressie analyse (vraag1 en vraag2)
    • Voer de analyse uit om de HTT genen/ eiwitten met elkaar te vergelijken (vraag3)
      (Geef niet alleen de resultaten weer, maar ook hoe je aan de resulaten bent gekomen. Welke parameters zijn gebruikt voor het ontwerp van de primers en de “gelijkenis” analyse. Maak screenshots en plaats in het rapport)
  4. Data analyse + Conclusie
    • Beschrijf de uitkomsten van de analyse van deelvraag3
    • Kan het gegeven modelsysteem wel of niet gebruikt worden om Huntington disease te bestuderen. Waarom wel of niet?