Inhaalproject2

Introductie

De Drie V’s zijn in de wetenschap leidende principes voor het verminderen van dierproeven en het ethisch omgaan met proefdieren.

De Drie V’s zijn:

Vervanging: gebruik van wetenschappelijke methodes waarmee proefdieren worden vermeden of vervangen
Vermindering: gebruik van methodes waardoor onderzoekers evenveel informatie verkrijgen met minder proefdieren of meer informatie verkrijgen met hetzelfde aantal proefdieren
Verfijning: gebruik van methodes waarmee eventuele pijn, leed en stress worden verlicht of verminderd en het welzijn van proefdieren zo goed mogelijk is

Binnen de opleiding van het ILC wordt er onderzoek gedaan naar alternatieven voor dierproeven (vervanging). De muis en de rat zijn veelgebruikte (vertebrate) modelsystemen die voor bepaalde onderzoeksvragen vervangen kunnen worden door andere vertebrate modelsystemen zoals vissen (zebravis en clownvis) of invertebrate modelsystemen zoals de fruitvlieg of rondworm.

Een essentiele vraag bij het gebruik van proefdieren is hoe goed de onderzoeksresultaten te vertalen zijn naar de humane fysiologie. Het is daarom belangrijk om de verschillende modelsystemen te vergelijken met de mens. Dit kan op verschillende biologische niveaus zoals gedrag, anatomie, fysiologie, orgaansystemen, eiwitten, genen en het genoom. ## Opdracht_2 In deze opdracht gaan jullie je verdiepen in het gen dat betrokken is bij Duchenne muscular dystrophy (DMD). Om deze ziekte te bestuderen zijn er verschillende vertebrate en invertebrate modelsystemen aanwezig:

De opdracht:
1. Zoek op in de literatuur welk gen verantwoordelijk is voor DMD
2. Ontwerp primers om één mutatie (missense of nonsense, mag je zelf een keuze in maken) te detecteren in het humane gen dat DMD veroorzaakt
3. Hoeveel gelijkenis vertoont het humane gen/eiwit (van vraag1) met het othologe gen/eiwit van het (opgegeven) modelsysteem:

Docent Zoltan bochdanovits-tenhove: muis (Mus musculus)
Docent Bas van Gestel : rat (Rattus norvegicus)
Docent Chris van Oevelen : kip (Gallus gallus)
Docent Rene van der Ploeg : zebravis (Danio rerio)
Docent Alice den Hertog: hond (Canis lupus)
Docent Michael Liem: fruitvlieg (Drosophila)

Kan het modelsysteem gebruikt worden om DMD te onderzoeken?

LET OP: Het is de bedoeling dat je je kennis van Blok A mobiliseert om de onderzoeksvraag te beantwoorden. Er is dus geen eenduidig antwoord op de onderzoeksvraag. Dit hangt af van de strategie die je gaat gebruiken (zie ook hieronder bij het werkplan).

  1. Verkennen en verdiepen:
    • Welk gen is betrokken bij DMD? Beschrijf de eigenschappen van dit gen / protein (gebruik minimaal drie verschillende databanken)
    • Beschrijf 1 mutatie in het humane gen (van vraag1).

Schrijf een korte inleiding van ongeveer 10 regels (inclusief bronverwijzing naar research papers en databanken. Zonder bronvermelding geen punten!!)

  1. Onderzoeksvraag:
    • Stel een hypothese op
  2. Experiment (In silico)
    • Ontwerp primers voor sequentieanalyse (vraag2)
    • Voer de analyse uit om de genen/ eiwitten met elkaar te vergelijken (vraag3)
      (Geef niet alleen de resultaten weer, maar ook hoe je aan de resulaten bent gekomen. Welke parameters zijn gebruikt voor het ontwerp van de primers en de “gelijkenis” analyse. Maak screenshots en plaats in het rapport)
  3. Data analyse + Conclusie
    • Beschrijf de uitkomsten van de analyse van deelvraag3
    • Kan het gegeven modelsysteem wel of niet gebruikt worden om DMD te bestuderen. Waarom wel of niet?