Project1

Introductie

PFAS zijn een groep chemicaliën die veel gebruikt worden in allerlei artikelen. Omdat ze niet/nauwelijks biologisch afbreekbaar zijn, kunnen deze stoffen ophopen in het milieu en in organismen. Dit levert gezondheidsrisico’s op voor de mens. Om de toxiciteit voor de mens te onderzoeken, is er onderzoek gedaan naar het effect van verschillende concentraties PFAS op de genexpressie van levercellen. De genexpressie is voor een select aantal genen bepaald m.b.v. RNA-sequencing. Het artikel (pfas_transcriptome_liver.pdf) met een beschrijving van het experiment en de data ((project1_data.csv) zijn te vinden in de gedeelde data folder op de server: /home/data/das3v22/project_2024/project_1

De Opdracht

We gaan antwoord geven op de volgende onderzoeksvraag:

Is er een verschil in ACSL1 expressie in levercellen behandeld met:
1. DMSO (controle cellen)
2. 1 µM PFOA
3. 50 µM PFOA

Als er een statistisch significant verschil is, tussen welke experimentele condities is dit verschil?

Het is aan jullie om deze onderzoeksvraag te beantwoorden met behulp van de onderzoekscyclus:

LET OP: Verdeel de taken in de groep. Ieder persoon van de groep neemt 1 of meerdere (deel)taken op zich en is eindverantwoordelijk voor deze taak. Je kan elkaar wel helpen, maar het moet duidelijk zijn wat de bijdrage van iedere student is aan het project. Geen nuttige bijdrage is een onvoldoende!

Geef duidelijk aan in het rapport wie welke bijdrage heeft geleverd!!

  1. verkennen en verdiepen:
    • Wat is de (moleculaire) rol / functie van het ACSL1 gen/eiwit?
    • In welke pathway(s) speelt dit eiwit een rol?

Schrijf een korte inleiding van ongeveer 10 regels (inclusief bronverwijzing naar research papers en databanken)

  1. Onderzoeksvraag:

    • Stel een hypothese op voor de onderzoeksvraag (zie hierboven)

  2. Werkplan

    • Wat zijn de experimentele variabelen, modelsysteem en uitkomst variablelen? (Lees artikel pfas_transcriptome_liver.pdf door en met name de materiaal en methode) om deze vraag te beantwoorden.

  3. Experiment (niet van toepassing, we gaan het lab niet op)

  4. Data management

    • Pas data management toe zoals beschreven in de introductie
      (geef aan in welk studentenaccount de datamanagement folders staan. In bash, ga naar de project folder met de datamanagement folders en bestanden en type het tree command. Je ziet nu een overzicht van de folders en bestanden die aanwezig zijn. Maak hiervan een screenshots en plaats dit in het rapport. Geef ook de inhoud weer van het README bestand in het rapport).

  5. Data analyse

    • Data import in Excel
    • Data inspectie -> hoe is de data georganiseerd?
    • Data organisatie en filtering -> verkrijg de juiste data en zorg dat het kan worden ingelezen in JASP. Laat zien hoe de data georganiseerd en gefilterd is.
    • Descriptive en inductive statistics in JASP
    • Plaats relevante grafieken in het rapport en beschrijf de resultaten inclusief de statistische analyses

  6. Conclusie

    • Wat is de conclusie van de data analyse in de context van de onderzoeksvraag?

De data

De data die voor het beantwoorden van deze vraag is te vinden in bestand project1_data.csv in serverfolder /home/data/das3v22/project_2024/project_1

De kolomnamen in deze file geven aan hoe de levercellen behandeld zijn:
+ PFOA_0.1_2: levercellen zijn behandeld met 0.1 µM PFOA en dit is replicate nr. 2
+ PFOA_10_3: levercellen zijn behandeld met 10 µM PFOA en dit is replicate nr. 3

De tabel bevat verder voor elke conditie de genexpressie voor het humane gen ACSL1. Er geldt dat hoe hoger het getal is, des te hoger het gen tot expressie komt.